В некоторой степени, эту рассинхронизацию...

Что бы синхронизировать видео и звук зайдите:


Здесь изменяя значение "Delay audio track by" вы можете немного сжать или наоборот растянуть аудио поток. Положительное значение используйте, если звук опережает видео. Отрицательные значения используйте, если наоборот звук отстает от видео.

Таким образом, подбирая данное значение, можно добиться приемлемой синхронизации видео и звука.